地理学界的“穆桂英”
1956年，杨纫章参加湘江流域调查，发表了《湘江流域水文地理》（《地理学报》1957年第23卷第2期），成为较有影响的水文地理论文。在这次调查中，她对过去号称我国第一大淡水湖的洞庭湖进行了研究，把它与其他大湖作了科学对比，论证我国最大的淡水湖已不是洞庭湖，而应是鄱阳湖。她的论文《我国最大的湖泊》（载《地理知识》1958年第4期）。同年，杨纫章参加了中苏合作组织的黑龙江流域综合考察队，她分工调查研究水文与气候工作，或穿行于大、小兴安岭莽莽林海，或奔驰在呼伦贝尔的浩瀚草原上，收集了大量的第一手资料。除撰写调查报告外，还写了《黑龙江上游及呼伦贝尔地区的气候》一文（《地理学资料》1957年第一期），这篇论文是她《东北之气候》一文的深化。
1957年，她参加了浙江瓯江流域自然地理调查，还同胡豁咸一道，受华东电业局的委托，赴新安江、遂安江流域，进行自然地理调查。当时新安江水电站大坝工程已经开始施工，这一调查，为该流域洪水的形成提供依据，直接为施工期间洪水预报服务，他们夫妇合写的调查报告，受到华东电业局的很高评价。
在中国科学院林业科学研究所主持下，杨纫章参加了我国西南高山林区森林的综合考查队，1958年，她担任该队自然地理组织长，赴马尔康及米亚林区考察，这两个林区位于四川西部松潘高原，海拔4000米以上，地势险峻，白雪皑皑。她以惊人的毅力，跨越深谷，穿行密林，攀登巍峨险峻高峰。那时，这一地区尚无较精确的地形图，她率领考察队队员，手持地质罗盘，一路考察，一路绘制路线图，工作极其艰苦，在近两个月的考察中，取得丰富的资料。她所写的调查报告《川西高山林区的自然地理》登载在《川南高山林区森林综合考察报告》一书中。她写的学术论文《川西马尔康与米亚罗林区自然景观》（载《地理学报》1959年第 25卷第1期），受到地理学界的重视。1979年中国地理学会为纪念建国三十周年，中国科学院地理研究所赵松乔教授写了《近三十年来我国综合自然地理学的进展》一文（载《地理学报》1979年第31期卷第3期），多次提到杨纫章在我国自然地理区划，马尔康与米亚罗林区调查，以及随后在青海柴达木盆地沙漠、戈壁调查中在理论和方法方面的建树。
1958年，敬爱的周总理向我国科学工作者提出调查研究的十大问题，其中有改造沙漠和开发草原问题。遵照周总理的指示，中国科学院治沙队（现为中国科学院兰州沙模研究所）与南京大学地理系合作，组织青海柴达木盆地沙漠调查，杨纫章任队长。自1959年至1961年三年中，她三次进入柴达木盆地，不畏艰险，攀登巍峨的昆仑山，骑着骆驼深入沙漠腹地，西至气候极其干旱的阿尔金山和茫崖地区。那时正是国民经济遭受困难，物资供应匮乏时期，野外生活体力消耗很大，加上工作的劳累，使她的腰椎受了伤，没有及时治疗。长期带病坚持野外工作，更加重了她的病情，然而她以惊人的毅力，克服重重困难，完成了考察任务。在向中国科学院副院长竺可桢汇报时，竺可桢称赞杨纫章是“地理学界的穆桂英”。与此同时，南京大学授予她“三八红旗手”光荣称号。她先后写了八篇关于柴达木盆地的学术论文，其中六篇分别登载在《地理学报》、《南京大学学报》、《中国地理学会学术会议论文选集》、《治沙研究》等刊物上。此外，科学出版社曾约请她主编《青海柴达木盆地综合考察》专著，原稿已接近完成，由于“文化大革命”而被迫停止，未能出版。
在完成柴达木调查工作之后，杨纫章立即响应组织的号召，担任南京大学草原调查队副队长，投入内蒙草原的调查工作。1964年她去内蒙古自治区锡林郭勒盟进行草原的调查，白天骑马，夜宿毡包。由于她工作成绩卓著，内蒙古自治区人民政府特邀她去呼和浩特参加建国十五周年国庆节典礼，请她登上了观礼台。
事业未竟 含冤逝世
正当她以旺盛的斗志，艰苦努力，战斗在莽莽草原的科研第三线的时候，“文化大革命”开始了，她被迫中止草原考察工作，返回学校。在极左路线残酷迫害下，她经历种种折磨，不幸于1971年1月5日含冤而逝，终年五十二岁。
1978年7月，为落实党的知识分子政策，南京大学为杨纫章教授平反昭雪。南京大学党委负责同志主持了杨纫章同志的追悼会，校长匡亚明同志自始至终参加了追悼会，任美锷教授致了悼词，到会亲友近四百人，收到外地唁电唁函近百件，都为痛失地理学界杰出的女教授、女科学家而悲恸万分。其胞弟杨军有挽词《忆秦娥 ·悼大姐》：“江天噎，长夜梦断伤离别。伤离别，浩瀚广宇，何处寻觅？横扫四害风雷疾，沉冤八载今昭雪，大地春回，云开日月。”
贤妻良母 典范长存
杨纫章不仅在学术上，事业上有杰出的成就，而且还具有中国妇女传统的优良品质，堪称贤妻良母。她的爱人胡豁咸，昆仲六人，他排行老六。除大哥外，其余四位哥哥都在外地工作（都是教授）。抗日战争胜利以后，1945年冬，他们约定一起回胡家湾过一个合家团聚的春节。她对兄嫂都很尊敬。脱下旗袍，挽起袖子，帮助大嫂系草把，下厨房烧菜饭，没有一点知识分子的架子，深得乡邻赞许。她在娘家，孝顺父母，关怀弟妹；在婆家，体贴丈夫，教子有方。遗子有三，长子胡功笳毕业于南京大学物理系，次子胡功竺毕业于清华大学工程数学系，1979年他俩均由国家选送赴美国深造，均已获得博士学位；幼子胡功第毕业于华东水利学院，在江苏省水利厅工作。有孙子二、孙女三，均未及见面，诚为一憾事，然而，后继有人，亦当含笑九泉。
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